Durant le « Estado Novo », l’Église catholique est une institution assez dynamique au sein de la société brésilienne, soit par son presence plurisseculaire, soit par son singulaire amplitude nationale. L’hiérarchie écclesiale soutient le status quo et choisit Amoroso Lima comme son principal représentant dans ce qui concerne la politique et les mouvements sociaux, spécialement ceux liés au mouvement ouvrier et à l’éducation. Cependant, Amoroso Lima joue un rôle ambigu, parce qu’il accepte l’ordre en vigence mais se démontre soucieux de préserver sa liberté d’action. De cela résulte son action de recruteur de fonctionnaires pour les Ministères de l’Éducation et du Travail sans qu’il accepte lui-même l’invitation pour devenir Chef du Gouvernement en 1935 ou Ministre du Travail en 1938.
Différement, en 1964, l’Église perd space en faveur d’une croissante industrie culturel secularisée. En plus, elle ne jouit pas de la confiance des militaires, parce que trôp impliquée dans la crise d’identité exprimée par les tensions du concile Vatican II. Amoroso Lima est du côte de ceux qui défendent le aggiornamento et se montre critique au régime face à la présence de la torture et de la censure. Paradoxalement, c’est dans un moment de relative fragilité de l’institution à laquelle Amoroso Lima s’est dedié pendant décennies qu’il obtient plus de force et admiration.