Se calcularon las tasas de mortalidad neonatal temprana, tardía y total por departamentos por año y acumuladas en el periodo 2000-2009, y por causas para el año 2005. El exceso de riesgo se calculó a partir de la fracción atribuible comparando entre departamentos y el país con mejor tasa de mortalidad en el mundo. Se compararon los perfiles de causas de mortalidad entre Colombia y el país de referencia.
La tasa acumulada de mortalidad neonatal acumulada de Colombia en el periodo evaluado fue de 10,2 muertes por mil nacidos vivos. El peor departamento tiene 2,5 veces la tasa de mortalidad comparado con el mejor del mundo. Las fracciones atribuibles para todos los departamentos siempre superaron el 78%. La tasa de mortalidad neonatal disminuyó en 39%, el peor departamento fue Choco que disminuyo 9%, y el mejor Caquetá que disminuyo el 61%.
Las principales causas de mortalidad neonatal temprana fueron los trastornos respiratorios, seguidos por complicaciones obstétricas y malformaciones congénitas, las cuales son prevenibles. Al comparar a Colombia y sus departamentos con un referente externo se encuentra un exceso de riesgo muy elevado. Durante el periodo 2000-2009 Colombia presentó disminución de la tasa de mortalidad neonatal, sin embargo esta se presentó de forma desigual entre regiones, aumentando la brecha.