Este artículo pretende comparar las concepciones elaboradas por autores académicos, con las elaboraciones internas de los movimientos sociales sobre el tema de la autonomía. Los análisis de los movimientos sociales, que han surgido en los años 1970, fomentaron percepciones de una sociedad civil virtuosa en oposición a un Estado satánico (DAGNINO, 2002). Esta imagen, ofrece elementos para comprender la actitud "anti-institucional" y la defensa de la "autonomía" en el discurso de los sujetos protagonistas de estas experiencias. Dagnino alerta por la insuficiencia de asignarles características de pureza a los movimientos sociales, una vez que estos surgieron en una estrecha relación interactiva con actores externos, constituyendo relaciones que atraviesan el Estado, los partidos politicos, la academia y los propios movimientos, a través de las relaciones institucionales e interpersonales, reconfigurando sus prácticas e directrices.
El discurso de la autonomía también fue activado como instrumento retórico para disputar la hegemonía de la dirección política de los movimientos. Así, la autonomía adquirió diferentes significados: establecimiento de mecanismos de participación sin vínculos formales con los órganos del Estado; independencia de las organizaciones populares en relación con la iglesia católica o a los partidos, indicando la necesidad de los movimientos mantenerse "puros" en relación a los otros sujetos (Estado, iglesia, partidos). Sin embargo, los análisis del discurso de la autonomía sugieren que se trata de una elaboración ajena a los movimientos, introducida por uno de estos actores en referencia a los demás. Las organizaciones populares, según la perspectiva de estos actores, parecen ser retratados como inmaduras frente a los enfrentamientos políticos decisivos y dependientes de asesores externos. Frente a estas reflexiones, cabría incluir la autonomía en la lista de "conceptos en controversia" (Dagnino, 2006) porque, así como "participación" y "democracia", necesita explicitaciones capaz de poner de manifiesto las intenciones que oculta.