Esta cuenca es compartida por dos países que ya estuvieran en guerra por territorio. Sin embargo, hoy se encuentran iniciativas de cooperación en las zonas de frontera entre los dos países. La integración sur-americana también hay visado el mejoramiento de los transportes entre los países, contribuyendo con la cooperación.
El rio Napo es un afluente del rio Amazonas, y su origen es en Ecuador y flui para el Perú, donde desagua en el rio Amazonas, cerca de Iquitos. Este rio es muy importante para el transporte fluvial, regulado por el Tratado de Comercio y Navegación entre Ecuador y Perú. En la cuenca del Napo hay varias áreas protegidas, como el Parque Yasuní en Ecuador, pero también hay muchos lotes de concesiones petroleras. La explotación del petróleo en Ecuador especialmente, pero también en Perú, dejó un camino de contaminación de los recursos hídricos, en la Amazonia. Esta contaminación es una fuente de conflictos con las populaciones indígenas que viven en la región. Además, en esta región hay el proyecto de hidrovía del rio Napo, uno de los proyectos de la IIRSA, que visa mejorar el transporte del continente.
En texto apunta que las tensiones tienen origen en las distintas evaluaciones de la naturaleza de los grupos sociales involucrados en la cuestión. Y indica las relaciones de fuerza entre los atores que determinan las decisiones sobre el uso de los recursos hídricos.